Les hommes et les femmes monstrueux qui peuplent les épisodes de cette série ne sont que le reflet des névroses de Mulder, et particulièrement de ses manques affectifs. Si l’on observe les éléments qui nous sont donnés concernant son mode d’existence, on remarque facilement qu’il est un grand solitaire qui se maintient dans cet état par son originalité et son incapacité à tisser des liens sociaux, due notamment à la trop grande absorption qu’opère sur lui ses recherches du surnaturel et des extraterrestres… Un des points centraux de la personnalité de Mulder est qu’il s’isole encore plus dans le domaine qui devrait lui permettre de s’intégrer, le domaine professionnel. Son paradoxe est qu’il ne recherche pas le contact dans son travail mais des réponses à ses frustrations, alors qu’une de ses réponses serait justement le contact humain. Il y a bien cependant des contacts humains au cours de ses enquêtes aux côtés de sa partenaire Scully, mais ceux-ci sont biaisés par le fait que les coupables ou victimes qu’il côtoie sont gangrenés par le surnaturel, métaphore de leurs névroses et de celles de Mulder.  Ainsi ses rapports sociaux (Scully mis à part) se limitent aux trois Lone Gunmen, des amis encore plus décalés que lui, qui passent le plus clair de leur temps à rédiger un journal d’investigations farfelues sur le paranormal, et à sa mère qu’il visite rarement.

La mort de son père au cours de la saison 2, ainsi que l’enlèvement de sa sœur par des extra-terrestres, viennent nourrir ses frustrations tout en justifiant sa quête de petits hommes verts qui l’isole du monde social.  D’autre part avant la sixième saison il ne possède pas de lit et dort (rarement) sur son canapé, ce qui exclut toute vie sexuelle. Il avoue d’ailleurs se consoler avec des films pornos, ce qui  donne lieu à quelques plaisanteries avec Scully. A ce propos il devient rapidement évident dès les débuts de la série qu’une idylle entre les deux principaux protagonistes paraît inévitable.  Cependant toute l’astuce de Chris Carter, le créateur d’X-Files, consiste à maintenir Mulder dans un état de frustration et de recherche perpétuelle en repoussant le plus possible cet amour qui pourrait éclipser les substituts qu’il pourchasse au cours de ses enquêtes.  La relation des deux agents se doit donc de rester amicale ou tout du moins platonique pour laisser le champ au questionnement et à la recherche et à leurs incessantes traversées des Etats-Unis en voiture ou en avion, qui illustrent leurs parcours intérieurs.

A l’image de Mulder les personnages croisés au cours de ses investigations sont des êtres frustrés et inaccomplis qui révèlent une face obscure de l’Amérique, celle de la communication faussée, celle de l’étrange né de l’idéal américain brisé. Le nombre d’épisodes qui s’attachent aux particularités monstrueuses et paranormales d’êtres possédant des carences affectives est tout simplement impressionnant. La série recèle un nombre incroyable d’amours non partagées ou manquées, qu’elles soient filiales ou amoureuses. Dans Trevor, un épisode de la sixième saison, un meurtrier qui possède la particularité de passer à travers les murs recherche son fils né pendant qu’il était en prison. Finalement son amour paternel n’est pas reconnu et il meurt sans avoir pu réellement exprimer sa part d’humanité, mais il gagne la compassion de Mulder… C’est cette compassion qui constitue le cœur d’X-Files : en exagérant les névroses et les frustrations des Américains et en les mythifiant par le biais du surnaturel et de la monstruosité, la série les rend paradoxalement plus humaines et plus aptes à créer un élan de compassion chez Mulder.